Szkoła powstała w 1994 roku, została założona przez 12 nauczycieli kłodzkich szkół. Mieści się w pięknej secesyjnej kamienicy przy ul. Łużyckiej 8 w Kłodzku, gdzie poprzednio funkcjonowała Szkoła Kolejowa. Budynek wyremontowali i wyposażyli sami nauczyciele-założyciele, takie to były trudne początki. Początkowo szkoła zajmowała pomieszczenia na 1. i 2. piętrze budynku, potem wraz z rozwojem placówki konieczne było zwiększenie powierzchni o parter. I tak jest od 1998 roku. Po utworzeniu Zespołu Szkół Alternatywnych w budynku funkcjonowały dwa rodzaje szkół – podstawowa (klasy siódma i ósma) oraz liceum ogólnokształcące. W roku 1999 w miejsce podstawówki powstało gimnazjum. Po reformie w 2019 gimnazjum zostało zlikwidowane i od tego czasu szkoła funkcjonuje jako Alternatywne Liceum Ogólnokształcące w Kłodzku.